Mahiwagang Babae na si Nanoha EXCEEDSGUN

30 taon na ang nakalipas, biglang lumitaw ang mga hindi kilalang agresibong dayuhang nilalang, at ang mundo ay minsang nasa bingit ng pagkawasak. Ang mga tao at ang mga nilalang na tinatawag na 'Invaders' ay naglaban para sa espasyo ng pamumuhay. Bagaman pansamantalang napanatili ang kaligtasan ng sangkatauhan, ang mundo ay maaaring matapos anumang oras. Sa gitna ng takot sa kamatayan at pagkawasak, ang mga tao ay nagkukunwaring hindi nakikita ang panganib at sakuna, namumuhay nang walang pakialam. Sa mundong ito, ang United Nations Dangerous Creature Investigation Agency na EXCEEDS ay nagsimulang kumilos upang labanan ang krisis at sakuna na dulot ng mga Invaders. Ang simula ng kuwento ay nasa isang malayong isla sa bansang Mizuho sa Silangan. Isang babaeng mangangaso na nagngangalang Kuse Shiina, na naninirahan sa isang liblib na isla at ang trabaho ay ang pag-alis ng mga Invaders. Ang tanging hiling niya ay ang mamuhay nang payapa kasama ang kanyang nag-iisang kapatid na babae na si Setsuna. Ngunit, ano kaya ang pangyayaring darating kay Shiina?