Sihir Gadis Nanoha EXCEEDS GUN

30 tahun yang lalu, makhluk asing yang agresif dan tidak dikenal tiba-tiba muncul, dan dunia hampir hancur. Manusia dan makhluk yang disebut Spesies Penyerbu ini saling bersaing untuk mendapatkan ruang hidup. Meskipun keamanan manusia saat ini terjamin, dunia bisa berakhir kapan saja. Di tengah ketakutan akan kematian dan kehancuran, orang-orang hanya bisa menutup mata terhadap bahaya dan bencana, menjalani kehidupan sehari-hari dengan mati rasa. Di dunia seperti ini, badan investigasi bahaya biologis PBB, EXCEEDS, mulai bertindak untuk menangkal krisis dan bencana yang disebabkan oleh Spesies Penyerbu. Awal cerita berlatar di negara kepulauan Timur Jauh, Mizuho. Seorang gadis pemburu yang tinggal di pulau terpencil dan bekerja membasmi Spesies Penyerbu, Kushiro Shiina. Satu-satunya keinginannya adalah hidup damai bersama adik perempuannya, Setsuna, satu-satunya keluarga yang tersisa. Namun, peristiwa apa yang menimpa Shiina?