30年前、突如として現れた未知の侵略性外来生物により、世界は一度滅亡の危機に瀕した。人類は「侵略種」と呼ばれるこれらの生物と生存圏を賭けて争い続けている。現在は辛うじて人類の安全は確保されているものの、世界はいつ終焉を迎えてもおかしくない状況にある。人々は死と破滅への恐怖を抱えながらも、危険や災害から目を背け、無気力に日常を送っている。そんな世界で、国連危険生物調査機関EXCEEDSは侵略種による危機と災害を防ぐため、行動を開始する。物語の始まりは、極東の島国・瑞穂。離島に暮らし、侵略種の駆除を生業とするハンターの少女・久瀬椎名。彼女の唯一の願いは、家に残るただ一人の家族である妹・刹那と穏やかに暮らすこと。しかし、椎名に降りかかる事件とは――。
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