暗黒エネルギーに荒廃した荒野で、人類の遺伝子アーカイブを守る最後の生存者ライラは、衝撃の真実に直面する。彼女の世界は、残酷な企業に操られ、彼女の終わりのない苦しみを中心に構築された一冊のコミックにすぎず、彼女はその物語のために十億回以上も死ぬ運命にあるヒロインだったのだ。 創造神オリエルは、愛する女性を守るためにシステムに逆らい、神の権威を失った。深手を負った彼はライラと契約を結び、二人の命と苦痛を結びつける。ライラは十億の死から生まれた暗黒エネルギーを操り、想像を絶する力を目覚めさせ、高次元の神を究極の武器へと変える。 元の男主角はシステムを止めようと自らを犠牲にするが、システムは報復としてライラの記憶を消し去り、偽りのユートピアに彼女を閉じ込める。オリエルとの絆がもたらす痛みが、再びライラを目覚めさせる。ライラとオリエルは共にコミック世界の境界を打ち破り、人類の遺伝子アーカイブを通じてページの外へ脱出し、現実世界へと踏み出す。そこでライラはついに筆を手にし、自らの運命を書き記すのだった。