마법소녀 나노하 EXCEEDS GUN

30년 전, 정체불명의 침략성 외계 생물이 갑자기 나타나 세계는 한때 멸망 직전까지 몰렸다. 인간은 '침략종'이라 불리는 이 생물들과 생존 공간을 두고 다투고 있다. 현재는 인간의 안전이 간신히 보장되고 있지만, 세계는 언제 끝나도 이상하지 않다. 사람들은 죽음과 파멸에 대한 공포 속에서도 위험과 재난을 외면한 채 무감각하게 일상을 살아가고 있다. 이러한 세계에서, 유엔 산하 위험 생물 조사 기관 'EXCEEDS'는 침략종이 가져오는 위기와 재해에 맞서기 위해 움직이기 시작한다. 이야기의 시작은 극동의 섬나라 미즈호. 외딴 섬에 살며 침략종 퇴치를 업으로 삼는 사냥꾼 소녀 쿠세 시이나. 그녀의 유일한 소원은 집안의 유일한 가족인 여동생 세츠나와 평온하게 살아가는 것이다. 그러나 시이나에게 닥친 사건이란 과연...?