암흑 에너지로 황폐해진 불모지에서 인류의 유전자 아카이브를 지키는 마지막 생존자 리라는 충격적인 진실과 마주한다. 그녀의 세계는 끝없는 고통을 중심으로 만들어진 만화에 불과하며, 무자비한 기업이 이를 조종하고 있고, 그녀는 이야기를 위해 수십억 번 죽도록 저주받은 여주인공이라는 사실이다. 창조신 오리엘은 사랑하는 여인을 지키기 위해 시스템에 맞서다 신성을 잃는다. 중상을 입은 그는 리라와 계약을 맺고 두 사람의 삶과 고통을 하나로 묶는다. 수십억 번의 죽음에서 태어난 암흑 에너지를 끌어낸 리라는 상상할 수 없는 힘을 각성하고, 고차원의 신을 자신의 궁극적인 무기로 만든다. 전 남자 주인공은 시스템을 막으려다 스스로를 희생하지만, 시스템은 리라의 기억을 지우고 그녀를 거짓된 유토피아에 가둔다. 오리엘과의 유대에서 비롯된 고통이 리라를 다시 깨운다. 리라와 오리엘은 만화 세계의 경계를 부수고 인류의 유전자 아카이브를 통해 페이지를 벗어나 현실 세계로 들어가고, 마침내 리라는 자신의 운명을 쓸 펜을 손에 쥔다.