สาวน้อยเวทมนตร์นาโนฮะ EXCEEDSGUN

เมื่อ 30 ปีก่อน สิ่งมีชีวิตต่างดาวที่ไม่รู้จักและเป็นภัยคุกคามได้ปรากฏตัวขึ้นอย่างกะทันหัน โลกเคยใกล้จะถูกทำลายล้าง มนุษย์และสิ่งมีชีวิตที่เรียกว่าสายพันธุ์ผู้รุกรานเหล่านี้ต่างแย่งชิงพื้นที่ในการอยู่รอด แม้ว่าตอนนี้ความปลอดภัยของมนุษยชาติจะได้รับการคุ้มครองอย่างจำกัด แต่โลกก็อาจจะถึงจุดจบได้ทุกเมื่อ ผู้คนในขณะที่หวาดกลัวความตายและการทำลายล้าง กลับทำเป็นมองไม่เห็นอันตรายและภัยพิบัติ ดำเนินชีวิตประจำวันอย่างชาชิน ในโลกเช่นนี้ องค์กร EXCEEDS หน่วยงานสอบสวนสิ่งมีชีวิตอันตรายแห่งสหประชาชาติ ได้เริ่มปฏิบัติการเพื่อต้านทานวิกฤตและภัยพิบัติที่เกิดจากสายพันธุ์ผู้รุกราน จุดเริ่มต้นของเรื่องราวอยู่ที่ประเทศเกาะมิซึโฮะในตะวันออกไกล เด็กสาวนักล่าที่อาศัยอยู่บนเกาะห่างไกล ผู้ประกอบอาชีพกำจัดสายพันธุ์ผู้รุกราน ชื่อ คุเสะ ชินะ ความปรารถนาเพียงอย่างเดียวของเธอคือการใช้ชีวิตอย่างสงบสุขกับน้องสาวชื่อเซ็ตสึนะ ซึ่งเป็นครอบครัวเพียงคนเดียวที่เหลืออยู่ ทว่า เหตุการณ์ที่เกิดขึ้นกับชินะนั้นคืออะไรกันแน่?